沈自尹从上海医科大学毕业后，到华山医院内科工作，后接受院领导安排，从西医转攻中医，师从姜春华医生。于是，从上世纪五十年代中期起，他与中医结下了半个多世纪的缘分。
沈自尹系统地学习了《本草纲目》等中医经典著作，并且从实践中寻找真谛。他率先开展了中医“肾”本质的研究，先后编著了《肾的研究》、《虚证研究》、《中医治则研究》等有学术价值的著作十余部，引起国内外的关注，大力推动了中西医结合工作的发展。
1955年，沈自尹与姜春华讨论病例
沈自尹院士在采访中说：“我坚持看门诊也是为了病人，只要我能力和体力够得上，我还是会继续看。这些病人都是我的好朋友，也是我的老朋友了。在我这里的病人，我不收专家门诊费，只收普通门诊的费用，我也挺高兴的。”
博采众长 不拘一格
沈自尹始终站在学科发展的制高点上。 1960年，他从肾的研究中总结出“同病异治，异病同治”这一富有辩证思想的论点，以此作为中西医两种医学体系结合的突破口。
他率先对中医称为命门之火的肾阳进行研究，发现肾阳虚症病人肾上腺皮质功能的尿17-羟皮质类固醇值明显低下，经补肾中药治疗，可以恢复正常。这一结果得到国内外多家研究单位的沿用。
2017年1月19日 沈自尹门诊
沈自尹院士在采访中说：“我参加了中国医学探索队到四川去，那时百日咳是一个很难治的病，没什么药，我就自己拟了七味药，带着赤脚医生熬了大锅汤，送给他们喝，大概一两个星期，的确是有效的，一下子就把这个地区的百日咳消灭了。后来根据中医的理论再加几味药，成为了急支糖浆。”
主任医师王文健这样评价沈院士：“沈老师做了很多的研究和努力，我们当时搞科研，都是这么艰苦的环境，他那么大教授，领着我这个学生，骑着自行车几十里跑到乡下去采集标本，印象非常深刻，已经有四十年了。”
主任医师陈瑜这样评价沈院士：“沈老在科研的道路上一直在前行，尽管取得了很大的成就，但他从来没有放松过。从我内心来讲，最珍贵的汲取是安安心心、排除干扰，潜心做学问的这样一种精神。”
